Plateformes technologiques et sciences de la vie : interview de Patrick England, Président de CTLS

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A l’occasion de CTLS 2018, le congrès de l’association CTLS (Core Technologies for Life Sciences) qui vient de se dérouler à Gand, Patrick England, Président de CTLS, a bien voulu répondre à nos questions.

Créée en 2016 et regroupant aujourd’hui plus de 175 membres venant de 18 pays, CTLS a pour vocation de rassembler les équipes scientifiques, technologiques et administratives travaillant au sein de ou en relation étroite avec les infrastructures de recherche partagées, souvent désignées par le terme anglo-saxon de « core facilities », dans le domaine des sciences de la vie.

Pour en savoir plus sur CTLS : http://www.ctls-org.eu

Pouvez-vous nous expliquer ce que sont les core facilities et pourquoi ce modèle d’organisation prend-il de plus en plus d’importance dans la recherche moderne ?

Je pense que le moment clé dans le domaine des sciences de la vie se situe grosso modo il y a vingt ans, avec l’avènement d’approches systématiques « omiques » alors qu’auparavant on avait des approches plutôt analytiques. Ces approches génèrent beaucoup de données nécessitant souvent des ressources technologiques et méthodologiques assez lourdes, et en évolution de plus en plus rapide.

Ce qui fait que la plupart des instituts de recherche et des institutions académiques, sont arrivés au constat qu’un laboratoire isolé, aussi richement pourvu soit-il, était incapable de suivre le rythme, aussi bien au niveau financier qu’au niveau intellectuel et des technologies.

Et donc l’idée d’avoir des « hubs » technologiques ou des centres d’excellence, un concept qui existait déjà dans d’autres domaines, s’est de plus en plus développée dans les sciences de la vie. Par la suite, on a adopté le terme anglais de « core facilities » ou « core ». En français, on parle de plateformes technologiques ou d’infrastructures de recherche, ou bien encore d’unités de services. Il y a beaucoup d’appellations, ce qui n’est d’ailleurs pas évident d’un point de vue extérieur. Ce n’est pas toujours simple d’y voir clair dans cet écosystème assez complexe.

Donc il y a eu de la mise en commun du partage, au niveau d’une institution, ou de plusieurs institutions qui décident de mettre en commun des moyens dans le cadre de regroupements régionaux, nationaux ou transnationaux. Cela a commencé par l’instrumentation, puis par l’expertise, les ressources humaines et les connaissances.

Personnellement, je travaille dans ce domaine depuis déjà quelques temps, et si je suis resté aussi longtemps dans ce genre de structure, c’est que je suis convaincu que ce sont des structures qui en valent la peine et qui sont un modèle qui vaut la peine d’être étendu. Effectivement, on constate que les institutions qui installent des structures de ce genre dans le domaine des sciences de la vie sont de plus en plus nombreuses. C’est le cas de l’Institut Pasteur où je travaille. C’est clairement un modèle de plus en plus prévalent.

Quels sont selon vous les principaux enjeux autour des core facilities ?

L’enjeu principal pour l’institution qui décide d’établir ce genre de structure est de pouvoir rester à la pointe du développement méthodologique et technologique, et d’avoir un avantage compétitif par rapport à d’autres institutions. La probabilité de ne pas passer à côté de quelque chose et d’être à la pointe du développement technologique et méthodologique est beaucoup plus grande lorsque l’on fait appel à des structures expertes mutualisées que lorsque les compétences et l’expertise sont trop disséminées.

Mais, étant à l’origine avec d’autres personnes de CTLS, une association qui représente les core facilities, j’aurais tendance à regarder les choses dans l’autre sens, au niveau du fonctionnement optimal de ces structures. Je pense que l’un des enjeux principaux, c’est de réussir à évaluer le plus efficacement possible les besoins de la communauté scientifique à laquelle la structure s’adresse de manière à pouvoir y répondre au mieux. Il s’agit de structures qui ont vocation à fournir des services, à apporter de l’expertise autour d’un accès à de l’instrumentation à une communauté de chercheurs. Je dirais qu’effectivement l’enjeu c’est vraiment d’avoir la meilleure adéquation possible entre l’offre et la demande. Ce qui ne veut pas nécessairement dire qu’il s’agit simplement d’évaluer les besoins et de chercher à s’y adapter. Très souvent, on voit que les meilleures plateformes sont celles qui sont assez proactives, qui lancent des ballons sondes pour jauger jusqu’à quel point les idées qu’elles peuvent avoir en interne correspondent à un besoin ou à des possibilités de développement au sein d’une communauté d’utilisateurs.

Ensuite, une des grandes problématiques, c’est de réussir à trouver les moyens de réaliser ce que l’on pense être nécessaire de faire, au plan financier et aussi en ressources humaines. Il faut trouver des conditions optimales en termes d’instrumentation, d’ergonomie et de conditions de travail, puisqu’on est dans des structures qui parfois fournissent des services à distance, mais le plus souvent accueillent des gens au sein de la structure. Il faut donc que la structure soit accueillante, les personnes, les locaux, etc.

L’autre enjeu majeur, c’est d’être capable de se rendre compte où s’arrête ce que l’on est en mesure ou que l’on devrait faire en interne au niveau de la core facility, et à partir d’où est-ce qu’il vaut mieux fonctionner par partenariat ou par externalisation. Dans quels cas est-ce qu’il vaut mieux avoir une compétence en interne, ou dans quels cas est-ce qu’il vaut mieux être en mesure de donner des conseils à des gens pour les adresser au bon endroit.

Il est important d’avoir un réseau, pas uniquement un carnet d’adresses mais une bonne connaissance de ce que font d’autres structures, dans une logique de complémentarité, pour éviter des duplications inutiles qui peuvent être lourdes de conséquences au niveau des investissements.

Le rôle d’une association comme CTLS, c’est effectivement de promouvoir ces synergies et le partage d’expériences et de connaissances au sein d’une communauté, et d’inciter cette communauté à collaborer même si les membres de CTLS appartiennent à des institutions qui sont souvent en concurrence.

Cela suppose la connaissance de l’offre existante, ce qui n’est pas forcément évident. C’est aussi un des objectifs concrets de notre association. Les moteurs de recherche ne donnent que la partie immergée de l’iceberg, et souvent ce qui est le plus intéressant n’est pas nécessairement ce qui est le plus visible. CTLS travaille sur ce sujet avec la Fondation européenne de la science pour constituer un inventaire qui ne sera sans doute pas exhaustif, mais donnera une bonne représentation de notre communauté.

A ce niveau, une solution logicielle peut certainement être très utile, notamment au niveau des petites structures qui souhaitent se rendre plus visibles mais ne savent pas comment, pour éviter le syndrome de la page blanche.

Y a-t-il de grandes tendances qui se dégagent en termes d’organisation, de management, de regroupement, etc. ?

On se rend compte que pour qu’une plateforme soit attractive, outre les compétences, ce qui est important est la capacité d’’interagir de manière fructueuse avec les utilisateurs et la taille humaine. Je pense que l’une des choses que les gens apprécient quand ils viennent travailler dans une plateforme de recherche, c’est d’avoir un contact avec des gens, et pas simplement une interface machine à distance, et uniquement des échantillons et des résultats qui circulent.

Je pense qu’une des choses qui font le succès d’une plateforme de recherche académique par rapport à des sociétés de prestation de services, c’est cette capacité de dialogue avec les utilisateurs, cette capacité de conseil. Souvent les gens ne viennent pas nécessairement avec une demande bien finalisée, et c’est dans le dialogue et la reformulation de la question de départ que finalement va se dégager un plan d’action qui est élaboré en commun.

C’est ce qui fait la différence avec les sociétés de service, qui se sont développées bien souvent comme des spin-off d’institutions académiques. Cet écosystème de petites sociétés de services, c’est vraiment gagnant-gagnant, puisque les institutions académiques sont assez contentes de pouvoir externaliser un certain nombre de choses qui ne sont plus nécessairement à très haute valeur ajoutée, alors qu’il y a une quinzaine d’années, la seule solution était de faire en interne. Je pense que c’est une tendance assez lourde, et les plateformes académiques favorisent d’ailleurs l’émergence de ces petites sociétés de services.

Ensuite je pense qu’il y a de plus en plus une mise en réseau, que ce soit au niveau régional, national ou international. Je pense surtout que ce qui est important c’est de partager la connaissance et l’expertise de manière de plus en plus ouverte, avec les programmes « open science » qui vont dans ce sens. En même temps, il faut pouvoir développer et valoriser une propriété intellectuelle, ce qui est évidemment une source de financement non négligeable pour une institution, tout en partageant et en collaborant.

On voit de plus en plus de coopération public/privé sur des projets de recherche. Y a-t-il des différences d’approche entre la recherche publique et la recherche privée du point de vue de l’organisation et de l’utilisation des plateformes technologiques ? Quel est l’impact de ces coopérations sur le management des core facilities ?

Si l’on regarde dans le domaine des sciences de la vie, la très grande majorité des « big / medium pharma » ont des plateformes. Cela vient du fait que ces sociétés sont très souvent multi-sites, et ne peuvent pas développer un pôle d’expertise dans chacun de leurs sites et ont tendance à centraliser ou à spécialiser. Bien souvent, elles ont tendance à recruter des gens qui ont travaillé dans des plateformes académiques, ce qui facilite la relation.

Par contre, le fonctionnement n’est pas nécessairement le même, par le fait que la communauté scientifique à laquelle s’adresse une plateforme de recherche industrielle est beaucoup plus clairement établie, à l’exception des CRO (« contract research organizations ») qui ont vocation à être ouvertes sur le monde.

Il y a un partage de connaissances assez spontané avec nos collègues industriels. Le plus souvent, les collaborations relèvent de l’étude de faisabilité amont d’un projet bien ciblé, pour permettre ensuite à une entreprise de prendre une décision. Les industriels viennent souvent nous voir pour les aider dans l’élaboration du cahier des charges, pour vérifier si leurs idées nous paraissent faisables.

Il existe aussi des consortia regroupant des entreprises pharmaceutiques et différentes institutions de recherche, comme par exemple BioAster dans lequel l’Institut Pasteur est impliqué. C’est plutôt dans cet environnement que des institutions académiques peuvent faire appel à des plateformes de recherche qui sont dans les entreprises pharmaceutiques, et donc privées. Dans le cadre d’accords bilatéraux directs, c’est plutôt la société pharmaceutique qui souhaite faire appel à la plateforme de recherche académique.

 

Quels sont selon vous les principaux enjeux de la recherche vis-à-vis de la transformation digitale, et des technologies du numérique en général (big data, machine learning, IA, mobilité, etc.) ?

Nous sommes totalement convaincus. D’ailleurs pendant notre congrès CTLS 2018, plusieurs sessions étaient consacrées aux technologies du numérique. C’est vrai qu’on met beaucoup en avant le big data, et toutes les problématiques de génération de données, de stockage, d’analyse rationnelle et de valorisation des données, mais aussi le management de projet. C’est quelque chose qui révolutionne complètement nos domaines.

Il y a quinze ans, si on avait commencé à parler de workflows dans les plateformes de recherche, les gens l’auraient vu comme une contrainte administrative ou technocratique. Aujourd’hui, les mentalités évoluent, même si j’ai l’impression que le monde scientifique est encore un monde qui pense que le monde extérieur doit s’adapter à lui plutôt que l’inverse ! Donc les solutions logicielles doivent s’adapter, mais pourquoi pas aussi regarder des solutions qui ont pu faire leurs preuves dans d’autres domaines. La vérité est vraisemblablement au milieu.

Il existe de plus en plus des solutions qui ont fait leurs preuves, ou ont déjà été explorées par des collègues, ou des solutions qui sont développées par des sociétés comme Keralia qui intègrent du personnel scientifique.

La question est de mesurer l’impact global sur notre activité de ce que vous appelez la transformation digitale. Je pense qu’on le voit de manière très séquentielle, par exemple au niveau de la génération de données, mais que nous avons besoin de conseil, de coaching pour comprendre quels peuvent être les gains spécifiques pour la recherche et faire un peu notre « révolution culturelle » malgré le fait qu’il y ait une barrière d’activation à franchir.